Московский профсоюз авиадиспетчеров взбунтовался против президента ФПАД России Ковалева из-за вытеснения несогласных с ним сотрудников из членов профсоюза. Профорги первичной профсоюзной организации (ППО) филиала Московского центра АУВД потребовали от президента Федерального профсоюза авиадиспетчеров (ФПАД) Сергея Ковалева восстановить в правах незаконно исключенных из ФПАД председателя московской ППО Лисяка и его заместителя Шумилову — якобы за дискредитацию профсоюза, но на самом деле за отстаивание прав работников, которые шли вразрез с интересами Ковалева. Последний выдвинул им ультиматум: либо выполнять его условия при обсуждении с ГК ОрВД параметров нового коллдоговора, либо дальше им не по пути. Несмотря на давление, Лисяк и Шумилова подписали соглашение с работодателем, основываясь на мнении работников по итогам опроса, за что и были исключены. Представители ППО обвинили Сергея Ковалева в откровенной репрессивности, направленной на подавление независимости профсоюза филиала. Исключение руководства ППО они назвали попыткой силового вмешательства в их работу. Своим решением Ковалев сам же нарушил четыре пункта устава ФПАД, в связи с чем Лисяк и Шумилова обратились в прокуратуру, чтобы Ковалева проверили на правомерность действий. Профорги московского ППО призвали главу ФПАД прекратить противостояние с коллективом профсоюза, манипулирование мнением работников и «вспомнить, для чего нужен профсоюз»: не для «разборок и зачисток, а для защиты трудящихся». Сомнительные действия Ковалева коснулись и региональных профсоюзов. Осенью 2024 года по заявлению ФПАД возбудили уголовное дело на главу профсоюза авиадиспетчеров Екатеринбурга Владимира Кузьменко. По словам Ковалева, Кузьменко вывел на свои счета свыше ₽2 млн, принадлежащих профсоюзу, который был до этого исключен из ФПАД. По нашей информации, личность Кузьменко, как избранного главы ППО, не устроила Ковалева и председателя Уральской ТО ФПАД Федотова. Чтобы выжить Кузьменко, предпринимались радикальные шаги, начиная с обвинений в экстремизме и заканчивая якобы реабилитацией нацизма. Но ни то, ни другое правоохранителями не подтвердилось. Кузьменко перешел дорогу руководителям ФПАД и дирекции филиала инициацией служебной проверки в отношении Синюхина — заместителя по персоналу бывшего главы уральского филиала ГК по ОрВД Валерия Купцова. На него жаловались женщины-специалисты по языковой подготовке по факту домогательств, оскорблений и угроз в случае обращения в профсоюз. В итоге Синюхин уволился, а его начальника Купцова задержала ФСБ по подозрению в превышении полномочий при приемке строительных работ на аэродроме Кургана. Кроме того, Ковалев разозлился на Кузьменко из-за отказа перечислить один млн рублей на поддержку СВО, так как его смутила настоятельная просьба перечислить средства на счет указанного ФПАД благотворительного фонда. Кузьменко не удалось наладить отношения с Уральской ТО ФПАД, и собрание ППО приняло решение выйти из ее состава, на что члены ППО получили угрозы быть исключенными из ФПАД за нарушение устава. Екатеринбургский профсоюз выполнил ультиматум Ковалева. Однако тот уже все решил: он кулуарно исключил екатеринбургскую ППО из состава ФПАД, чтобы средствами профсоюза не распоряжалась ликвидационная комиссия, и отозвал у Кузьменко доверенность на банковский счет с ₽2,2 млн профсоюзных денег, которые, как планировал Ковалев, должны были перейти в распоряжение ФПАД. Профсоюз, заранее узнав о санкциях, созвал экстренное совещание профкома, где было решено перевести сумму на личный счет Кузьменко, чтобы исключить блокирование средств до урегулирования вопросов с ФПАД. Впоследствии по решению профкома деньги были разделены между всеми 193 членами профсоюза в качестве материальной помощи. Узнав, что деньги ушли с этого счета, ФПАД подал заявление в Следственный комитет о мошеннических действиях председателя Кузьменко. По похожей схеме до этого ФПАД выводил себе профсоюзные деньги и со счетов других региональных ППО.