Pelagibacter ubique — одна из мельчайших свободноживущих бактерий: длина клеток колеблется от 370 до 890 нм, а средний диаметр клеток составляет от 120 до 200 нм. Кроме того, пелагибактер обладает самым маленьким геномом среди свободноживущих бактерий, в нем насчитывается всего 1,3 млн пар оснований. Вместе с тем пелагибактер — одна из самых распространенных морских бактерий и, по некоторым подсчетам, несмотря на крошечные размеры, общий вес клеток пелагибактера превышает суммарную массу всех морских рыб.