В палеонтологии нередко бывает так, что окаменелость проходит через несколько попыток интерпретации по мере того, как в руках ученых появляются все новые и новые инструменты. Это совершенно не означает, что исследователи, нашедшие образец, как и те, что пытались понять его сущность до формирования современных представлений, были некомпетентны: просто у них не было в распоряжении тех методов, которыми мы располагаем сейчас. А иногда путь интерпретации конкретных фоссилий превращается в настоящий детектив.
В середине XIX века ученые обнаружили очень странные окаменелости, по-видимому, растительного происхождения, которые имели некое подобие трубчатой структуры. Поначалу исследователи приняли странные ископаемые за остатки трухлявых стволов хвойных деревьев. Впоследствии стало понятно, что окаменелости принадлежат ранее не описанным самостоятельным структурам, которые назвали прототакситами (Prototaxites). Эти структуры, похоже, были в высшей степени непривычного вида: исследование разных фоссилий прототакситов показало, что они достигали в длину до 8 метров при диаметре до одного метра, а в палеонтологической летописи они присутствуют с конца силура до конца девона, после чего исчезают. Видимо, прототакситы происходят от гигантских наземных организмов. Было высказано предположение, что прототакситы — это вымершие гигантские грибы, и исследования начала нашего века, основанные на изучении структуры и изотопного состава, вроде бы подтвердили эту гипотезу. Видимо, эти огромные грибы (вероятно, базидиальные) росли вертикально вверх и были гетеротрофами, может, даже сапротрофами, то есть питались разлагающейся органикой, а трубочки, из которых состоят прототакситы, — это грибные гифы. На суше в те времена не было организмов, которые могли бы по размерам тягаться с прототакситами.
Однако не все ученые согласились, что прототакситы — это грибы. Недавно были опубликованы результаты работы, свидетельствующие, что грибами прототакситы точно быть не могли. Авторы исследования скрупулезнейшим образом повторно изучили трубчатые "стволы" прототакситов и выяснили, что в трубочках прототакситов есть структуры, которых нет в гифах базидиальных грибов. Кроме того, в останках прототакситов не удалось найти и следов хитина. Выходит, прототакситы точно не являются грибами и сочетают в себе признаки, которые одновременно не встречаются ни у одной из известных групп наземных организмов — как современных, так и ископаемых. К числу этих признаков относится сложная структура из трубочек разных морфологических типов, высокая концентрация фенольных соединений в трубочках и гетеротрофный образ жизни. Авторы работы заключают, что прототакситы — это ранее не известная эволюционная ветвь эукариот, возможно, даже новое царство.