Проверки, проведенные в 2024–2025 годах, показали, что крупные подрядчики, привлеченные к выполнению этих проектов, уклонялись от налогов и использовали фиктивные банкротства для вывода бюджетных средств в теневой сектор. По итогам проверок, в частности, удалось выявить искусственную задолженность на 1,3 млрд рублей, вернуть в конкурсную массу имущество на 670 млн и обеспечить поступление в бюджет более 4 млрд рублей налогов.

Один из ключевых эпизодов касается компании, задействованной в проектах «Здравоохранение» и «Демография» в Москве, Татарстане, Крыму и других регионах. Как выяснили надзорные органы, она не исполняла обязательства по контрактам на сумму 3,7 млрд рублей и переводила деньги через подложные документы фирмам, с которыми была аффилирована. Впоследствии суд признал фиктивной часть ее задолженности на сумму 1 млрд рублей. Проверки также подтвердили правомерность решений налоговых органов о взыскании с недобросовестных подрядчиков 7,2 млрд рублей налоговой недоимки. В Тамбовской области, к примеру, прокуратура добилась отказа в иске компании, пытавшейся занизить НДС на 1,6 млрд рублей с помощью сети фирм-однодневок. В трех других регионах была пресечена аналогичная схема уклонения от уплаты 718 млн рублей НДС исполнителем проекта «Безопасные и качественные автомобильные дороги».