Поверхностные водные объекты находятся в собственности РФ, это закон.
Исключение - пруды и обводненные карьеры в границах одного з.у., подробнее можно посмотреть в ст.8 Водного кодекса РФ.

Поверхностные водные объекты состоят из поверхностных вод и покрытых ими земель в пределах береговой линии.
Отсюда вывод, что из земель в пределах береговой линии не может быть образован земельный участок, и эти земли не могут быть в частной собственности. Даже краешком.

Если в границы земельного участка частично попадает поверхностный водный объект, границы такого земельного участка подлежат пересмотру в судебном порядке.
Такая практика уже сложилась, не весь участок снимают с кадастрового учета, не лишают правообладателя собственности на весь з.у., но признают отсутствующим право собственности на часть земельного участка, без предварительного учета этой части в ЕГРН.
И неважно, кто и когда поставил такой з.у. на кадастровый учет и из каких оснований и когда возникло право на спорный земельный участок. Это не является юридически значимым для данной категории дел.

Вот типичное судебное дело

Алексинский межрайонный суд Тульской области рассмотрел гражданское дело по иску Тульского природоохранного прокурора в интересах неопределенного круга лиц к Ковях Н.А., Пашкову С.В. о признании отсутствующим права собственности на часть земельного участка.

Судом установлено, что с 29.11.2024 у ответчиков в собственности имеется земельный участок площадью 1333 кв.м в Алексинском районе.

По информации ППК «Роскадастр», часть береговой полосы водного объекта р. Ока расположена в границах этого участка.

Тульским природоохранным прокурором выявлено нарушение земельного законодательства, т.к. нахождение в частной собственности ответчиков части береговой линии федерального водного объекта, которая в силу закона относится к землям общего пользования, противоречит нормативным требованиям, приводит к нарушению гарантий и прав неопределенного круга лиц на беспрепятственный доступ к объектам общего пользования.
По делу постановлено решение о признании отсутствующим права собственности Ковях Н.А., Пашкова С.В. на часть спорного земельного участка площадью 6,92 кв.м и исключении ее из их незаконного владения.
Больше о нюансах прав на землю здесь