Если про предсказание, то все (af, rosettafold, chai) выдают дистограммы в качестве байпродакта, но нюанс в том, что там они в виде распределения по бинам, а не фиксированных расстояний. Брать максимум распределения обычно хватает для практических задач. И да, это таки байпродакт. В смысле что предсказанная модель, особенно если plddt/pae не очень, не факт что будет попадать именно в максимумы всех предсказанных дистанций.