Проект объекта = принятые инженерами проектные решения + их отображение на неких носителях (в виде чертежей, таблиц, текстов и трёхмерных моделей, баз данных).
При применении трёхмерного моделирования все трёхмерные модели отражают проектные решения, но не все проектные решения отображены в трёхмерных моделях, потому что только часть проектных решений касается геометрических параметров оборудования и его размещения в пространстве, а основная часть решений касается его подбора и расчёта, и не влияет напрямую на трёхмерную модель.

Касательно коллизий – давайте уточним, что на старте инвестиционного проекта все заинтересованные стороны должны договориться, что считать коллизиями (в виде согласованной сторонами матрицы коллизий, в которой прописано, что с чем не должно пересекаться в модели и уточнение к ней по допускам в миллиметрах, на которые допускается пересечение чего-то с чем-то (или наоборот – сколько миллиметров (>0) должно быть между элементами, чтобы они считались непересекающимися).
Это, например, критично важно для пересечения трубопроводов в теплоизоляции, которые в модели могут немного пересекаться, а на стройплощадке теплоизоляция при монтаже труб сминается и коллизия исчезает – или для пересечений трубопроводов d=20 мм и кирпичной стены, которая сверлится по месту и не является проблемой, а, значит, и не должна рассматриваться как коллизия в ЦИМ).

100% коллизий в ЦИМ свидетельствуют о некорректных проектных решениях, но все эти решения одного класса – о геометрическом расположении элементов.
В ряде случаев эти решения могут безболезненно быть изменены прямо на стройплощадке, но в значительном числе других случаев их изменение может стоить дороже, чем выполнение изначально правильных решений (например, когда приходится изгибать воздуховод буквой «зю» после того, как электрики смонтировали свои лотки).
Стоит, однако, отметить, что в таких случаях за удорожание строительства часто ответственны не только коллизии, но и неправильная организация работ на площадке (это всегда так, но я тут именно про работу с коллизиями) – то есть при соблюдении верной последовательности монтажных работ коллизия могла бы быть выявлена раньше и устранена с меньшими потерями денег и времени даже без 3D-модели.
При этом модель позволила бы выявить её совсем заранее вне зависимости от правильности организации работ на площадке – именно поэтому работа в модели лучше работы без неё.

Какой процент проектных решений приводит к коллизиям? Статистики нет, а субъективно можно сказать – 50/50.
Проектные решения, касающиеся расчётов, подбора оборудования (независимо от габаритов), выбор принципиальных схем и т.п. не имеют прямого отношения к коллизиям и напрямую их не создают.
А вот следующие за ними трассировка, размещение оборудования в пространстве и т.п. – как раз-таки имеют, и здесь неверные решения могут создавать коллизии (но могут и не создавать).
Отдельно отмечу, что при получении рабочих чертежей непосредственно из файла 3D-модели устранение коллизий в модели сразу отображается в виде верных решений на чертежах.
Однако во многих случаях модель и чертежи не взаимосвязаны, поскольку модель «поднимают» по чертежам, и в этом случае случаются и транзакционные издержки (потери информации о том, что нужно поменять в чертеже), и запаздывание (чертежи уже на стройке, а проверка на коллизии ещё не выполнена). В этом случае смысл устранения коллизий в модели резко снижается, иногда – до нуля (когда здание уже построили, а нанятые бимщики всё ещё коллизии ищут, так как проектировщик по десятому разу выдал им чертежи, в которых всё пересекается, а на стройке это уже устранили просто «по месту»).