Когда белок сворачивается неправильно, ферменты убиквинтин-лигазы "навешивают" на него специальную пептидную метку - убиквинтин. Протеосома, которая по суди представляет собой полый цилиндр с двумя "крышками", с помощью последних распознаёт убиквинтиновую метку и "разворачивает" белок, а затем расщепляет белок с помощью находящихся внутри цилиндра протеолитических ферментов. При этом убиквинтин отщепляется ещё до попадания в цилиндр и может использоваться повторно.