Пожалуй, ни для кого уже не является секретом тот факт, что высшее образование в стране находится в кризисе, история с Новгородским государственным университетом не единственный пример, а почти стандартный случай

Не владеем подробной информацией о ситуации во всех федеральных университетах, которые были созданы в каждом федеральном округе, но большинство из них так и не стали серьезными центрами исследований и научных прорывов. Хотя их создание преследовало именно такую цель и для этого выделялось масштабное госфинансирование. Деньги закончились, а новых научных школ и результатов прорывных исследований особо не наблюдается.

Более того, значительная часть из них так и не может составить достойную конкуренцию столичным ВУЗам в качестве образования и, как следствие, лучшие абитуриенты уезжают в Москву и Санкт-Петербург. В результате власти были вынуждены вводить административное регулирование приема в ВУЗы, чтобы в глубинке оставались учиться не только не хватающие звезд с неба абитуриенты.

И это объясняется как субъективными, так и объективными причинами.
Из субъективных стоит отметить существовавшую ранее глубокую интегрированность ректоров в региональные элиты, в результате которой многие ВУЗы встраивались в региональную повестку и часто не занимались эффективным развитием, а лишь "осваивали" финансирование. В последние годы Минобрнауки ведет активную работу по обновлению ректората, как правило, назначая более независимых от региональных властей ректоров.

А из объективных можно обозначить реальные сложности жизни региональных ВУЗов: недостаточность финансирования, устаревшая и слабая материальная база, слабость и деградация многих научных школ в глубинке, "вымывание" перспективных молодых ученых и их отъезд в столицы или даже за границу. Огромные негативные последствия приносит сформировавшийся разрыв между наукой и производством: бизнес часто не видит смысла вкладывать средства в высшее образование и науку.
Есть и другие причины.

И пока каких-то позитивных тенденций ожидать не приходится.